Harry heeft aan het einde van het vorig schooljaar Voldemort zien terugkeren. Cornelis Droebel, de Minister van Toverkunst, gelooft hem echter niet en ontkent het hele verhaal om onrust binnen de tovenaarsgemeenschap te voorkomen. Albus Perkamentus (die Harry wel gelooft) en Harry zijn hierdoor onderhand de meest gehate personen. Ze worden op alle mogelijke manieren zwartgemaakt. Harry's geestelijke gezondheid wordt in twijfel getrokken door de Ochtendprofeet en Perkamentus wordt afgezet als hoofd van de Wikenweegschaar (de tovenaarsrechtbank). Door alle negatieve publiciteit die Harry krijgt, wordt hij ook door veel klas- en schoolgenoten niet geloofd en gemeden.
Tijdens de schoolvakantie wordt hij in zijn woonplaats Klein Zanikem aangevallen door twee Dementors. Zijn neef Dirk Duffeling, die erbij was, lijkt er gek van geworden te zijn. Mevrouw Vaals was getuige van dit voorval en omdat Harry toverde in het bijzijn van een Dreuzel terwijl hij nog minderjarig was, moet hij voorkomen voor de Wikenweegschaar die wordt voorgezeten door de Minister van Toverkunst. Hij wordt uiteindelijk vrijgesproken door tussenkomst van Perkamentus.
Halverwege de schoolvakantie, en nog voor de rechtszitting, wordt Harry opgehaald door de Orde van de Feniks. Zij nemen hem mee naar het hoofdkwartier waar hij zijn vrienden en peetoom Sirius Zwarts weer terug ziet. Perkamentus heeft de Orde van de Feniks weer bijeengeroepen om weerstand te bieden aan Voldemort. Sirius Zwarts heeft zijn huis aan het Grimboudplein in Londen beschikbaar gesteld aan de Orde. Voor het begin van het schooljaar wordt Harry door de leden van de Orde opgehaald en naar het Grimboudplein gebracht. Daar begint Harry te dromen over een mysterieuze lange gang met een zwarte deur aan het eind, deze dromen blijven terugkeren.
Om invloed te kunnen uitoefenen heeft Droebel zijn Secretaris-Generaal (hier in Nederland te vergelijken met een Staatssecretaris) Dorothea Omber aangesteld als lerares Verweer tegen de Zwarte Kunsten en later als Hoog Inquisiteur. Wanneer Harry, Ron en Hermelien weer naar school gaan krijgen ze les van haar. Alle leerlingen hebben onmiddellijk een hekel aan haar. Met de titel Hoog Inquisiteur mag Omber de schoolregels vaststellen en aanpassen. Niet alleen schoolregels kon ze aanpassen: ook het personeel kon ze aanpakken. Zo ontslaat ze Professor Zwamdrift. Als lerares geeft ze geen praktijklessen meer, maar enkel theorielessen. Ze doet dit volgens een (door het Ministerie goedgekeurde) magische verdedigingstheorie. Om toch nog praktijkles in Verweer Tegen de Zwarte Kunsten te krijgen komt Hermelien met het idee om dan maar het heft in eigen handen te nemen, en zo wordt de Strijders van Perkamentus opgericht, een groep van studenten die onder leiding van Harry magisch verweer leert.
Omber komt er echter achter dat Harry en een groep leerlingen een vereniging hebben opgericht. Meteen vaardigt ze een nieuw decreet uit, waarin ze stelt dat alle verenigingen worden opgeheven. Vanaf dat moment is dus de "SVP" een illegale vereniging. De leerlingen zetten echter door en vinden in de school een ruimte (de Kamer van Hoge Nood genoemd, in de film wordt deze ruimte onbedoeld gevonden door Marcel Lubbermans) die alleen maar te vinden is wanneer je ècht heel hard iets nodig hebt. Hier komen de leerlingen samen.
Harry's dromen over de lange gang blijven doorgaan. Inmiddels krijgt hij les van Professor Sneep les in Occlumentie. Dit is techniek die je leert te verdedigen tegen indringers in je geest. Het vermoeden bestaat namelijk dat Voldemort door begint te krijgen dat hij Harry's geest kan beïnvloeden, en hiervan misbruik zal gaan maken. Harry blijkt echter helemaal niet goed te zijn in Occlumentie (of Sneep onderwijst het hem niet goed, dit wordt zowel in het boek als in de film in het midden gelaten). Op een nacht vlak voor Kerst "droomt" Harry dat Arthur Wemel, Ron's vader, de wacht houdt voor de mysterieuze deur en wordt gebeten door Nagini, de slang van Voldemort. Ron, die ziet dat Harry een nachtmerrie heeft, waarschuwt Professor Anderling. Perkamentus zorgt er vervolgens voor dat Arthur Wemel wordt gezocht (en gevonden), en hij blijkt inderdaad zwaar gewond te zijn. Alle Wemels en Harry en Hermelien worden per ViaVia naar het Grimboudplein gestuurd, waar ook Arthur Wemel naartoe komt nadat hij uit het ziekenhuis is ontslagen.
Omber ontdekt de SVP. Harry wordt hierdoor bijna van school gestuurd. Perkamentus geeft echter aan, dat hij verantwoordelijk is. Hierdoor moet Perkamentus mee naar het ministerie. Echter verdwijnt Perkamentus. Hierdoor wordt Dorothea Omber het nieuwe schoolhoofd.
Tijdens haar periode als schoolhoofd krijgt Omber veel weerstand van anderen. De Wemels bezorgen haar een waar vuurwerk en verlaten definitief Zweinstein.
Harry krijgt tegen het einde van het schooljaar opnieuw een soort visioen waarin hij ziet dat Sirius Zwarts door Voldemort gevangen wordt gehouden in de ruimte waar Harry al zo lang over droomt.Hij beseft inmiddels dat het het gebouw van het Ministerie van Toverkunst is. Harry wil Sirius alleen gaan redden. Enkele leden van de SVP (Marcel, Loena Leeflang, Ginny Wemel, Ron en Hermelien) staan erop hem te vergezellen. Wanneer ze aankomen in het gebouw van het Ministerie gaan ze naar beneden, naar het Departement van Mystificaties, en treffen daar een lege ruimte aan. Zwarts noch Voldemort is er te vinden. Voldemort blijkt Harry in de val te hebben gelokt. Een aantal Dooddoeners gaat in gevecht met Harry en proberen hem te doden. Tijdens het gevecht worden de leden van de SVP geassisteerd door de Orde van de Feniks. Bellatrix van Detta, een Dooddoener, vecht tegen Sirius. Uiteindelijk doodt ze hem, met de Avadakedavra vloek. Harry is woedend en rent haar achterna naar het Atrium, waar ze Voldemort zelf tegen het lijf lopen. Op het moment dat Voldemort Harry wil doden komt Perkamentus binnen en gaat met Voldemort in gevecht. Perkamentus, de enige tovenaar waar Voldemort bang voor is, weet Voldemort af te weren en Voldemort vlucht, maar niet voordat Cornelis Droebel nog een glimp van hem opvangt. Nu beseft ook het Ministerie dat Voldemort teruggekeerd is, en Harry en Perkamentus worden gerehabiliteerd.
Weer terug op school praten Perkamentus en Harry over de Profetie die Voldemort zo graag wilde hebben, en waarvoor hij Harry naar het Departement van Mystificaties had gelokt. De Profetie blijkt te vertellen dat "de één niet kan leven als de ander bestaat", hetgeen betekent dat Harry Voldemort zal moeten doden, of andersom. Harry beseft dat hij zal moeten doden, of zelf zal worden gedood. Maar hij heeft ten minste een doel om te vechten, zegt hij tegen zijn vrienden op weg naar de Zweinsteinexpress.